Sarana dan Prasarana
MTs Negeri 1 Yogyakarta menyediakan sarana dan prasarana yang mendukung proses pembelajaran dan pengembangan murid secara optimal. Sebagai madrasah yang berada di wilayah perkkotaan, fasilitas yang tersedia dirancang untuk menunjang kegiatan akademik, keagamaan serta pengembangan keterampilan murid adapun sarana prasarana yang dimiliki sebagai berikut.
Ruang Ibadah
Tersedia mushola dan masjid, digunakan untuk sholat berjamaah, kajian keislaman, dan pembiasaan ibadah. Kondisi mushola baik dan terawat. Kondisi masjid dalam proses pembangunan lantai 2.
Ruang Pembelajaran
Tersedia 22 ruang kelas dilengkapi dengan papan tulis, LCD proyektor, audio, serta akses internet.
Laboratorium IPA
Mendukung pembelajaran sains yang dilengkapi dengan berbagai alat praktikum.
Laboratorium Komputer
Mendukung pembelajaran berbasis teknologi, pelaksanaan ujian dan asesmen berbasis internet. Tersedia 120 unti Desktop All In One yang terkoneksi dengan jaringan internet.
Laboratorium Boga
Menunjang kegiatan praktik keterampilan memasak
Perpustakaan
Menyediakan sumber belajar dari berbagai koleksi digital maupun non digital. Tersedia fasilitas perpustakaan digital yang bisa diakses melalui internet.
Kantin
Menyediakan berbagai menu makanan sehat bagi murid dan guru.
Unit Kesehatan
Memberikan layanan kesehatan dan pertolongan pertama. Tersedia hospital bed, obat-obatan dan perlatan P3K.
Aula
Ruang aula yang luas untuk berbagai acara pertemuan, ekstrakurikuler maupun kegiatan lainnya.
Lapangan
Area lapangan yang luas untuk kegiatan olahraga seperti volly, basket maupun kegiatan apel dan upacara bendera

